上古時期，創世女神女媧娘娘化生萬物，又以自己的模樣摶土造人，被稱為大地之母。隨著人族的繁衍生息，社會開始動盪。共工氏族和祝融氏族素來水火不容，兩族為了自己一族的尊榮大戰於不周山。共工不敵祝融，羞憤之下怒撞不周山，致使不周山倒塌。那不周山原是撐天的巨柱，山一倒下，天便塌了一個窟窿，地也裂出溝壑。天河之水傾瀉而下，洪水從地底噴湧而出，龍蛇猛獸，妖魔鬼怪肆虐橫行，人族面臨空前大災難。
女媧娘娘不忍生靈塗炭，於是以自身靈力煉化五色石子，用以補天之窟窿。又斬神鱉之四足以撐天地四極，殺妖魔鬼怪，平息洪水，終於換來萬靈喘息，得以繁衍生息。
以女媧娘娘自身靈力而煉化的五色石子，還剩餘三塊。一塊掉入地裂中的火山岩漿中，吸收了至陽至剛的混沌之火，變得通體火紅，威力巨大，可毀天滅地；另外一塊被洪水捲入了地底深壑，深埋於坑洞中，吸收了地底至陰至寒之氣與大地靈氣，變得潔白晶瑩，可復甦萬物；最後一塊落在天河之水沉積而形成的海域中，吸收了日月天地及水之精華，靈氣充盈，變得淡藍通透，已經具有了靈性。
三塊石子經過數萬年的沉積，成為了世間最為罕見的強悍靈石。埋藏靈石的地方，也漸漸出現了異象。女媧娘娘感知到那些靈石靈力的存在，大為震驚。
如同當初共工氏族和祝融氏族的爭鬥一樣，人族也已經察覺到靈石的存在。他們紛紛朝著靈石的隱藏地點進發，為了奪取靈石，在人族之間展開了一場場異常激烈的爭奪戰。而魔族和修煉靈力的異族也開始蠢蠢欲動。
女媧娘娘因煉化五色石子而靈力大損，雖然覺察到世間的異動，卻又無法親身阻止這一場大災難。一番斟酌權衡之後，女媧娘娘派出自己的神獸麒麟、白矖、騰蛇以及白澤去往人間尋找三塊靈石。同時，她為了妥善保管靈石，在倒塌的不周山上佈下了結界，利用其混沌之氣變幻出媧皇秘境。女媧娘娘又命令座下靈獸：火鳳凰棲天、扶桑靈鸞青璃、三眼金蛇族金夔、海月神龜族碧海神龜，玄冥蛇龜蒼堊以及月落島月靈幻蝶，一起守護媧皇秘境。
神獸麒麟、白矖、騰蛇以及白澤去往人間尋找三塊靈石，雖然經歷萬般磨難卻也不辱使命，將三塊靈石帶回媧皇秘境。而這，才是故事的開始。
三塊靈石將會面臨怎樣的命運，守護靈石的靈獸又會面臨怎樣的誘惑，結果又將如何......